cs178HW-3-27(2).pdf

(451 KB) Pobierz
Homework Due April 3
rd
 
Question 1
Phylogenetic Trees
Consider the following triangular distance matrix:
                B       C      D      E
 A            14      14      6     10
 B                        4     14    14    
 C                               14    14
  D                                      10
•
•
•
You should provide the sequence of (increasingly smaller) triangular matrices that
define the distances between the nodes and combinations of nodes.
Transform your un­rooted tree into a rooted ultra­metric tree by suitably adding
the root.
Represent your tree using parenthesis
You may use the steps suggested in the following URL where an example is also fully
worked out:  http://linneus20.ethz.ch:8080/5_4_9.html
Question 2
Character Based 
Perfect Phylogeny
Consider the following character matrix with 5 objects A, B, C, D, E and 7 characters 
C1, C2, …, C7
C1
1
0
1
1
0
C2
1
0
0
0
0
C3
0
1
0
0
0
C4
0
1
0
0
1
C5
0
0
1
1
0
C6
0
0
1
0
0
C7
0
0
0
1
0
A
B
C
D
E
Determine if the above corresponds to perfect phylogeny and draw the corresponding
character tree.

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin