pytania z analizy filogenetycznej (1)egzamin(1).pdf

(40 KB) Pobierz

1. Kto pierwszy przedstawił koncepcje filogenezy w postaci drzewiastej i krzaczastej ?

2. Autorzy pierwszych podejść algorytmicznych. (odp. Robert Sokal & Peter Sneath)

3. Było drzewo narysowane i jaki to typ (Odp. takson polifiletczny)

4. Był sobie zapis ((A,C),(B,D)); - co można z niego wywnioskować ? (odp. że taksony

siostrzane?)

5. Po co stosowane sa zimne i gorące łańcuchy? (odp. cos z wyznaczeniem obszaru w

przestrzeni

)

6. Co reprezentują wezły? (odp. tutaj trzeba tac odp. że wszystkie odpowiedzi prawidowe)

7. Zadanie otwarte: opisać miękką politomię.

8. zadanie otwarte: opisać metodę Branch and Bound w parsymoni.

9. Co można zastosować w NJ? (tu chodziło o metody: Jackknife i Bootstrap)

10. wskaż zdanie nieprawidłowe odnośnie kladogramu. (odp. kladogram ukośny pokazuje

więcej danych niż kladogram prostokątny)

11. Co jest potrzebne do ukorzenienia drzewa za pomocą zegara molekularnego?

12. zadanie otwarte: opisać acctran

13. Co może obrazować zjawiska hybrydyzacji? (chodzi o retikulogram)

14. Wskazac nieprawdziwe zdanie o UPGMA. (nie pamiętam, ale chodziło coc o dane muszą

być po części zultrametyzowane)

15. Co to za model ewolucji: „frekwencje nukleotydów i są równe, ale tranzycie i trans wersje

wystepują w róznych proporcjach” (Kimura 2 parametrowy)

16. Wielkość próbki dla bootstrap ( odp. 100% !!)

17. Co to za par symonia: zezwala na rewersje, wszystkie cechy uporządkowane (odp

Wagnera)

18. cos w stylu: jakie cechy sa szkodliwe dla Maksymalnej Parsymoni (chodzi chyba o

homoplazje w LBA)

19. rozpoznaj jaka to metoda „Jakie jest prawdopodobieństwo P powstania danych D i tak

dalej i tak dalej



„ (Odp. Maximum Likelihood)

20. Tutaj nie napiszę dokładnie tresci pytania, bo nie pamiętam, ale trzeba znać tą tabelkę ze

zdarzeniami ewolucyjnymi : Wikariancja, kospecjacja itp.

21. Sposób działania par symonii Brooksa. (tutaj ważne, czy drzewo pasożytów na

gospodarzach czy odwrotnie)

Filogenetyka_molekularna_I(4).pdf (5587 KB)
phd_bogdanowicz_damian(4).pdf (1999 KB)
Les4(2).pdf (860 KB)
icaisc2015(4).pdf (670 KB)
filogenetyka(6).pdf (548 KB)