modmol2.pdf

(179 KB) Pobierz
Sprawozdanie nr 2
Kinga Rusin
Beata Jantoń
Deformacje kątów walencyjnych
Zad 5
Wyznaczony przez nas kąt walencyjny cząsteczki wody wynosi 109
o
47’. Wartość
literaturowa to 104
o
45’. Różnica wynika stąd, że wartość 109
o
47’ przyjmujemy dla kształtu
idealnego tetraedru, a 104
o
45’ to kąt obserwowany. W tym modelu wody nie bierzemy pod
uwagę polaryzacji. Jest to przydatne w symulacjach dynamiki cząsteczki w programach
komputerowych do modelowania, gdyż daje w nich poprawną wartość gęstości wody i jej
przenikalności dielektrycznej.
Zmiany kątów torsyjnych
Zad 1
Cząsteczka alkenu ,w odróżnieniu od cząsteczki alkanu, posiada jedno wiązanie podwójne
pomiędzy atomami węgla. Obecność wiązania podwójnego w cząsteczce prowadzi do jej
usztywnienia. W miejscu jego występowania atomy nie mogą swobodnie rotować wokół
niego tak, jak jest to możliwe przy wiązaniach pojedynczych. W przypadku wiązania
podwójnego elektrony znajdują się na hybrydyzowanych orbitalach typu sigma i pi – w
pojedynczym tylko sigma. Wiązanie typu pi jest słabsze niż sigma, toteż związki, które je
zawierają są bardziej reaktywne. W przypadku wiązania podwójnego mamy do czynienia z
hybrydyzacją sp
2
, a w przypadku pojedynczego- sp
3
( w związkach organicznych). Atomy o
hybrydyzacji sp
2
charakteryzują się geometrią trygonalną i kątem walencyjnym 120
o
, a te o
hybrydyzacji sp
3
geometrią tetraedryczną i kątem walencyjnym 109,5
o
.Wiązanie podwójne
jest krótsze niż pojedyncze.
Oddziaływania niewiążące
Zad 6
Do wiązania wodorowego w cząsteczce wody dochodzi między atomami tlenu i wodoru.
Odległości wiązań pomiędzy poszczególnymi cząsteczkami są różne.
Optymalizacja struktury i dynamika molekularna biocząsteczki
Zad 11
Film przedstawia zwijanie się białka badane w 9 różnych polach siłowych. W polu siłowym
OPLS- AA/L cząsteczka białka jest najmniej ruchliwa. W polu GROMOS96 43a1p do
zwijania białka dochodzi najwcześniej i tworzą się β- arkusze. Następnie w polu Amber
ff99SB (2) dochodzi do tworzenia α- helisy. Najszybsze i największe zwijanie białka
zachodzi w 2 polach GROMOS. Pod koniec eksperymentu białka w polach OPLS- AA/L i
CHARMM27 (2) zaczynają się ponownie rozwijać. Żadne z pól siłowych nie jest ,,najlepsze,”
czy też uniwersalne, gdyż wybór odpowiedniego pola siłowego zależy od badanej cząsteczki,
a także od informacji, które chcemy uzyskać po przeprowadzeniu badania. Dlatego w
przedstawionych na filmie 9 różnych polach siłowych zachowanie zwijającej się cząsteczki
białka było inne.

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin